Platební agentura vznikla sloučením Státního zemědělského intervenčního fondu, Agrární platební agentury a agentury Sapard. Je nutné, aby svůj provoz zahájila od 1. května. Velké zpoždění, které budování Agentury nabralo, je předmětem kritiky. O nutnosti jejího zřízení se vědělo několik let. Fakt, že se vše muselo zařizovat na poslední chvíli, s sebou přineslo řadu pochybných kroků, a to především ze strany ministra zemědělství. Neschopnost českých orgánů kritizovala i Evropská komise. Rizikové také je, že nebude možné Agenturu vyzkoušet při zkušebním provozu. Pokud dojde při výplatě peněz k chybám, bude Česká republika sankcionována.