Novela zákona o zemědělství zavádí do českého práva systém křížového hodnocení (cross-compliance), který představuje soubor předpisů, které farmáři budou podle evropských směrnic muset plnit. Zemědělci mají v budoucnu hospodařit tak, aby neporušovali evropská pravidla pro ochranu životního prostředí, krajiny a zacházení se zvířaty. Státní orgány budou dodržování těchto požadavků pravidelně kontrolovat a zemědělci, kteří je nebudou plnit mohou podle závažnosti přestupku přijít částečně nebo dokonce úplně o evropské dotace, které jsou jim vypláceny prostřednictvím Státního zemědělského a intervenčního fondu (SZIF).
Zavedení systému křížového hodnocení požaduje po České republice Evropská unie. Pokud by jej ČR nezavedla, nemohla by od ledna 2009 počítat s penězmi ze společné zemědělské politiky. Ve starých členských zemích, Slovinsku a na Maltě se pravidly cross-compliance musí farmáři řídit již dnes, ale Česká republika a spolu s ní i další nové členské země měly do roku 2009 vyjednanou výjimku, která souvisí se skutečností, že v nových členských zemích jsou zemědělské dotace vypláceny podle zjednodušeného systému plateb na plochu (SAPS), v jehož rámci země dostávají z rozpočtu společné zemědělské politiky jen část přímých dotací.
Křížové kontroly měly být v České republice původně zavedeny v souvislosti s přechodem na nový systém jednotných plateb na farmu nebo producenta, který v současné době platí ve starých členských zemích, a k němuž mělo dojít v roce 2009. ČR se ale během vyjednávání v Radě postavila spolu s dalšími zeměmi za zachování zjednodušeného systému vyplácení přímých plateb na plochu až do roku 2013 a komisařka pro zemědělství Mariann Fischer Boel jim koncem loňského roku tento odklad přislíbila.
Výsledkem kompromisu nakonec bylo, že kontroly zemědělců začnou podle původního plánu v roce 2009, ale prozatím se budou týkat jen několika oblastí jako například ochrany přírody, registrace dobytka nebo zpětné dohledatelnosti masa. Další oblasti kontroly přibydou až v roce 2011 (má jít zejména o zacházení se zvířaty a rostlinolékařství).
Zpočátku by kontroly neměly být příliš rozsáhlé. Ministerstvo zemědělství počítá s tím, že ročně dojde ke kontrole pouze 250 až 300 farmářů, což „významně nepřevýší jedno procento žadatelů“.
Novela zákona o zemědělství, která včera úspěšně prošla v prvním čtení poslaneckou sněmovnou, má přinést zpřísnění, ale také zefektivnění systému kontrol. Na farmáře čeká bodový systém v němž se budou sčítat jejich prohřešky proti pravidlům hospodaření šetrného k životnímu prostředí. Zatímco za první přestupek přijdou jen o několik procent dotací, v případě opakovaného porušování pravidel budou moci o evropské dotace přijít úplně.
Zákon také vymezuje roli jednotlivých orgánů, které budou mít jednotlivé kontroly na starosti a zemědělcům by navíc měly radit, jak nové požadavky dodržet.
Novým opatřením zákona je také evidence krajinných prvků jako jsou vodní plochy, aleje podél cest, lesy nebo remízky. Díky evidenci budou moci v budoucnu zemědělci čerpat finanční prostředky na údržbu těchto „cenných biotopů, které mají blahodárný vliv na udržení zdravého životního prostředí a tvoří krajinný ráz“.
Novela, která v prvním čtení získala podporu 128 poslanců napříč politickým spektrem nyní poputuje do parlamentního výboru pro zemědělství.
Systém křížových kontrol by měl být zaveden od 1. ledna 2009. První kontroly farmářů by měly začít v květnu 2009.