V časové tísni tak muselo Ministerstvo zemědělství rychle vybrat firmu, která měla vybrat společnost, která Platební agenturu vybuduje. Rozhodnutí padlo na firmu BDO, která vybrala společnost SAP. Shodou okolností má pak odnož vybrané firmy provádět audit, jak SAP svou práci zvládá. Podle mluvčího Ministerstva financí Marka Zemana dostane BDO za audit "několik miliónů korun". Podle Ministerstva financí se však rozhodně nejedná o střet zájmů. Firma, která audit provede totiž není zcela ta samá, která měla za úkol vybrat realizátora Platební agenturu. Jak ovšem i název napovídá, společnosti BDO CS a BDO CA mají mnoho společného, a sice jsou součástí téže skupiny.